Orf1a polyprotein
Details
- Name
- Orf1a polyprotein
- Synonyms
- Polyprotein orf1a
- PP1a
- Gene Name
- orf1ab
- Organism
- SARS-CoV
- Amino acid sequence
>lcl|BSEQ0013055|Orf1a polyprotein MESLVLGVNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEALSEAREHLKNGTCGLVELEKGV LPQLEQPYVFIKRSDALSTNHGHKVVELVAEMDGIQYGRSGITLGVLVPHVGETPIAYRN VLLRKNGNKGAGGHSYGIDLKSYDLGDELGTDPIEDYEQNWNTKHGSGALRELTRELNGG AVTRYVDNNFCGPDGYPLDCIKDFLARAGKSMCTLSEQLDYIESKRGVYCCRDHEHEIAW FTERSDKSYEHQTPFEIKSAKKFDTFKGECPKFVFPLNSKVKVIQPRVEKKKTEGFMGRI RSVYPVASPQECNNMHLSTLMKCNHCDEVSWQTCDFLKATCEHCGTENLVIEGPTTCGYL PTNAVVKMPCPACQDPEIGPEHSVADYHNHSNIETRLRKGGRTRCFGGCVFAYVGCYNKR AYWVPRASADIGSGHTGITGDNVETLNEDLLEILSRERVNINIVGDFHLNEEVAIILASF SASTSAFIDTIKSLDYKSFKTIVESCGNYKVTKGKPVKGAWNIGQQRSVLTPLCGFPSQA AGVIRSIFARTLDAANHSIPDLQRAAVTILDGISEQSLRLVDAMVYTSDLLTNSVIIMAY VTGGLVQQTSQWLSNLLGTTVEKLRPIFEWIEAKLSAGVEFLKDAWEILKFLITGVFDIV KGQIQVASDNIKDCVKCFIDVVNKALEMCIDQVTIAGAKLRSLNLGEVFIAQSKGLYRQC IRGKEQLQLLMPLKAPKEVTFLEGDSHDTVLTSEEVVLKNGELEALETPVDSFTNGAIVG TPVCVNGLMLLEIKDKEQYCALSPGLLATNNVFRLKGGAPIKGVTFGEDTVWEVQGYKNV RITFELDERVDKVLNEKCSVYTVESGTEVTEFACVVAEAVVKTLQPVSDLLTNMGIDLDE WSVATFYLFDDAGEENFSSRMYCSFYPPDEEEEDDAECEEEEIDETCEHEYGTEDDYQGL PLEFGASAETVRVEEEEEEDWLDDTTEQSEIEPEPEPTPEEPVNQFTGYLKLTDNVAIKC VDIVKEAQSANPMVIVNAANIHLKHGGGVAGALNKATNGAMQKESDDYIKLNGPLTVGGS CLLSGHNLAKKCLHVVGPNLNAGEDIQLLKAAYENFNSQDILLAPLLSAGIFGAKPLQSL QVCVQTVRTQVYIAVNDKALYEQVVMDYLDNLKPRVEAPKQEEPPNTEDSKTEEKSVVQK PVDVKPKIKACIDEVTTTLEETKFLTNKLLLFADINGKLYHDSQNMLRGEDMSFLEKDAP YMVGDVITSGDITCVVIPSKKAGGTTEMLSRALKKVPVDEYITTYPGQGCAGYTLEEAKT ALKKCKSAFYVLPSEAPNAKEEILGTVSWNLREMLAHAEETRKLMPICMDVRAIMATIQR KYKGIKIQEGIVDYGVRFFFYTSKEPVASIITKLNSLNEPLVTMPIGYVTHGFNLEEAAR CMRSLKAPAVVSVSSPDAVTTYNGYLTSSSKTSEEHFVETVSLAGSYRDWSYSGQRTELG VEFLKRGDKIVYHTLESPVEFHLDGEVLSLDKLKSLLSLREVKTIKVFTTVDNTNLHTQL VDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHVNHEGKTFFVLPSDDTLRSEAFEYYHTLDESFL GRYMSALNHTKKWKFPQVGGLTSIKWADNNCYLSSVLLALQQLEVKFNAPALQEAYYRAR AGDAANFCALILAYSNKTVGELGDVRETMTHLLQHANLESAKRVLNVVCKHCGQKTTTLT GVEAVMYMGTLSYDNLKTGVSIPCVCGRDATQYLVQQESSFVMMSAPPAEYKLQQGTFLC ANEYTGNYQCGHYTHITAKETLYRIDGAHLTKMSEYKGPVTDVFYKETSYTTTIKPVSYK LDGVTYTEIEPKLDGYYKKDNAYYTEQPIDLVPTQPLPNASFDNFKLTCSNTKFADDLNQ MTGFTKPASRELSVTFFPDLNGDVVAIDYRHYSASFKKGAKLLHKPIVWHINQATTKTTF KPNTWCLRCLWSTKPVDTSNSFEVLAVEDTQGMDNLACESQQPTSEEVVENPTIQKEVIE CDVKTTEVVGNVILKPSDEGVKVTQELGHEDLMAAYVENTSITIKKPNELSLALGLKTIA THGIAAINSVPWSKILAYVKPFLGQAAITTSNCAKRLAQRVFNNYMPYVFTLLFQLCTFT KSTNSRIRASLPTTIAKNSVKSVAKLCLDAGINYVKSPKFSKLFTIAMWLLLLSICLGSL ICVTAAFGVLLSNFGAPSYCNGVRELYLNSSNVTTMDFCEGSFPCSICLSGLDSLDSYPA LETIQVTISSYKLDLTILGLAAEWVLAYMLFTKFFYLLGLSAIMQVFFGYFASHFISNSW LMWFIISIVQMAPVSAMVRMYIFFASFYYIWKSYVHIMDGCTSSTCMMCYKRNRATRVEC TTIVNGMKRSFYVYANGGRGFCKTHNWNCLNCDTFCTGSTFISDEVARDLSLQFKRPINP TDQSSYIVDSVAVKNGALHLYFDKAGQKTYERHPLSHFVNLDNLRANNTKGSLPINVIVF DGKSKCDESASKSASVYYSQLMCQPILLLDQALVSDVGDSTEVSVKMFDAYVDTFSATFS VPMEKLKALVATAHSELAKGVALDGVLSTFVSAARQGVVDTDVDTKDVIECLKLSHHSDL EVTGDSCNNFMLTYNKVENMTPRDLGACIDCNARHINAQVAKSHNVSLIWNVKDYMSLSE QLRKQIRSAAKKNNIPFRLTCATTRQVVNVITTKISLKGGKIVSTCFKLMLKATLLCVLA ALVCYIVMPVHTLSIHDGYTNEIIGYKAIQDGVTRDIISTDDCFANKHAGFDAWFSQRGG SYKNDKSCPVVAAIITREIGFIVPGLPGTVLRAINGDFLHFLPRVFSAVGNICYTPSKLI EYSDFATSACVLAAECTIFKDAMGKPVPYCYDTNLLEGSISYSELRPDTRYVLMDGSIIQ FPNTYLEGSVRVVTTFDAEYCRHGTCERSEVGICLSTSGRWVLNNEHYRALSGVFCGVDA MNLIANIFTPLVQPVGALDVSASVVAGGIIAILVTCAAYYFMKFRRVFGEYNHVVAANAL LFLMSFTILCLVPAYSFLPGVYSVFYLYLTFYFTNDVSFLAHLQWFAMFSPIVPFWITAI YVFCISLKHCHWFFNNYLRKRVMFNGVTFSTFEEAALCTFLLNKEMYLKLRSETLLPLTQ YNRYLALYNKYKYFSGALDTTSYREAACCHLAKALNDFSNSGADVLYQPPQTSITSAVLQ SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDTVYCPRHVICTAEDMLNPNYEDLLIR KSNHSFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCLLRLKVDTSNPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNG SPSGVYQCAMRPNHTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGK FYGPFVDRQTAQAAGTDTTITLNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYE PLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCAALKELLQNGMNGRTILGSTILEDEFTPFDVVRQC SGVTFQGKFKKIVKGTHHWMLLTFLTSLLILVQSTQWSLFFFVYENAFLPFTLGIMAIAA CAMLLVKHKHAFLCLFLLPSLATVAYFNMVYMPASWVMRIMTWLELADTSLSGYRLKDCV MYASALVLLILMTARTVYDDAARRVWTLMNVITLVYKVYYGNALDQAISMWALVISVTSN YSGVVTTIMFLARAIVFVCVEYYPLLFITGNTLQCIMLVYCFLGYCCCCYFGLFCLLNRY FRLTLGVYDYLVSTQEFRYMNSQGLLPPKSSIDAFKLNIKLLGIGGKPCIKVATVQSKMS DVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQG AVDINRLCEEMLDNRATLQAIASEFSSLPSYAAYATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKS LNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMLFTMLRKLDND ALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVVPDYGTYKNTCDGNTFTYASALWEIQQVVD ADSKIVQLSEINMDNSPNLAWPLIVTALRANSAVKLQNNELSPVALRQMSCAAGTTQTAC TDDNALAYYNNSKGGRFVLALLSDHQDLKWARFPKSDGTGTIYTELEPPCRFVTDTPKGP KVKYLYFIKGLNNLNRGMVLGSLAATVRLQAGNATEVPANSTVLSFCAFAVDPAKAYKDY LASGGQPITNCVKMLCTHTGTGQAITVTPEANMDQESFGGASCCLYCRCHIDHPNPKGFC DLKGKYVQIPTTCANDPVGFTLRNTVCTVCGMWKGYGCSCDQLREPLMQSADASTFLNGF AV
- Number of residues
- 4382
- Molecular Weight
- 486368.515
- Theoretical pI
- 6.25
- GO Classification
- Functionscysteine-type endopeptidase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides / hydrolase activity, acting on ester bonds / omega peptidase activity / RNA binding / RNA-directed RNA polymerase activity / zinc ion bindingProcessesinduction by virus of host autophagy / viral genome replication / viral protein processingComponentshost cell cytoplasm / host cell membrane / integral component of membrane
- General Function
- Zinc ion binding
- Specific Function
- Not Available
- Pfam Domain Function
- Transmembrane Regions
- 2206-2231 2314-2333 2340-2371 2749-2768 3020-3042 3054-3078 3115-3134 3559-3582 3588-3606 3613-3634 3660-3678 3685-3701 3721-3743 3755-3774
- Cellular Location
- Host membrane
- Gene sequence
>lcl|BSEQ0008334|13149 bp ATGGAGAGCCTTGTTCTTGGTGTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTC CTTCAGGTTAGAGACGTGCTAGTGCGTGGCTTCGGGGACTCTGTGGAAGAGGCCCTATCG GAGGCACGTGAACACCTCAAAAATGGCACTTGTGGTCTAGTAGAGCTGGAAAAAGGCGTA CTGCCCCAGCTTGAACAGCCCTATGTGTTCATTAAACGTTCTGATGCCTTAAGCACCAAT CACGGCCACAAGGTCGTTGAGCTGGTTGCAGAAATGGACGGCATTCAGTACGGTCGTAGC GGTATAACACTGGGAGTACTCGTGCCACATGTGGGCGAAACCCCAATTGCATACCGCAAT GTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAGGGAGCCGGTGGTCATAGCTATGGCATCGATCTA AAGTCTTATGACTTAGGTGACGAGCTTGGCACTGATCCCATTGAAGATTATGAACAAAAC TGGAACACTAAGCATGGCAGTGGTGCACTCCGTGAACTCACTCGTGAGCTCAATGGAGGT GCAGTCACTCGCTATGTCGACAACAATTTCTGTGGCCCAGATGGGTACCCTCTTGATTGC ATCAAAGATTTTCTCGCACGCGCGGGCAAGTCAATGTGCACTCTTTCCGAACAACTTGAT TACATCGAGTCGAAGAGAGGTGTCTACTGCTGCCGTGACCATGAGCATGAAATTGCCTGG TTCACTGAGCGCTCTGATAAGAGCTACGAGCACCAGACACCCTTCGAAATTAAGAGTGCC AAGAAATTTGACACTTTCAAAGGGGAATGCCCAAAGTTTGTGTTTCCTCTTAACTCAAAA GTCAAAGTCATTCAACCACGTGTTGAAAAGAAAAAGACTGAGGGTTTCATGGGGCGTATA CGCTCTGTGTACCCTGTTGCATCTCCACAGGAGTGTAACAATATGCACTTGTCTACCTTG ATGAAATGTAATCATTGCGATGAAGTTTCATGGCAGACGTGCGACTTTCTGAAAGCCACT TGTGAACATTGTGGCACTGAAAATTTAGTTATTGAAGGACCTACTACATGTGGGTACCTA CCTACTAATGCTGTAGTGAAAATGCCATGTCCTGCCTGTCAAGACCCAGAGATTGGACCT GAGCATAGTGTTGCAGATTATCACAACCACTCAAACATTGAAACTCGACTCCGCAAGGGA GGTAGGACTAGATGTTTTGGAGGCTGTGTGTTTGCCTATGTTGGCTGCTATAATAAGCGT GCCTACTGGGTTCCTCGTGCTAGTGCTGATATTGGCTCAGGCCATACTGGCATTACTGGT GACAATGTGGAGACCTTGAATGAGGATCTCCTTGAGATACTGAGTCGTGAACGTGTTAAC ATTAACATTGTTGGCGATTTTCATTTGAATGAAGAGGTTGCCATCATTTTGGCATCTTTC TCTGCTTCTACAAGTGCCTTTATTGACACTATAAAGAGTCTTGATTACAAGTCTTTCAAA ACCATTGTTGAGTCCTGCGGTAACTATAAAGTTACCAAGGGAAAGCCCGTAAAAGGTGCT TGGAACATTGGACAACAGAGATCAGTTTTAACACCACTGTGTGGTTTTCCCTCACAGGCT GCTGGTGTTATCAGATCAATTTTTGCGCGCACACTTGATGCAGCAAACCACTCAATTCCT GATTTGCAAAGAGCAGCTGTCACCATACTTGATGGTATTTCTGAACAGTCATTACGTCTT GTCGACGCCATGGTTTATACTTCAGACCTGCTCACCAACAGTGTCATTATTATGGCATAT GTAACTGGTGGTCTTGTACAACAGACTTCTCAGTGGTTGTCTAATCTTTTGGGCACTACT 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GAAGAAATTGATGAAACCTGTGAACATGAGTACGGTACAGAGGATGATTATCAAGGTCTC CCTCTGGAATTTGGTGCCTCAGCTGAAACAGTTCGAGTTGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAC TGGCTGGATGATACTACTGAGCAATCAGAGATTGAGCCAGAACCAGAACCTACACCTGAA GAACCAGTTAATCAGTTTACTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTTGCCATTAAATGT GTTGACATCGTTAAGGAGGCACAAAGTGCTAATCCTATGGTGATTGTAAATGCTGCTAAC ATACACCTGAAACATGGTGGTGGTGTAGCAGGTGCACTCAACAAGGCAACCAATGGTGCC ATGCAAAAGGAGAGTGATGATTACATTAAGCTAAATGGCCCTCTTACAGTAGGAGGGTCT TGTTTGCTTTCTGGACATAATCTTGCTAAGAAGTGTCTGCATGTTGTTGGACCTAACCTA AATGCAGGTGAGGACATCCAGCTTCTTAAGGCAGCATATGAAAATTTCAATTCACAGGAC ATCTTACTTGCACCATTGTTGTCAGCAGGCATATTTGGTGCTAAACCACTTCAGTCTTTA CAAGTGTGCGTGCAGACGGTTCGTACACAGGTTTATATTGCAGTCAATGACAAAGCTCTT TATGAGCAGGTTGTCATGGATTATCTTGATAACCTGAAGCCTAGAGTGGAAGCACCTAAA CAAGAGGAGCCACCAAACACAGAAGATTCCAAAACTGAGGAGAAATCTGTCGTACAGAAG CCTGTCGATGTGAAGCCAAAAATTAAGGCCTGCATTGATGAGGTTACCACAACACTGGAA GAAACTAAGTTTCTTACCAATAAGTTACTCTTGTTTGCTGATATCAATGGTAAGCTTTAC CATGATTCTCAGAACATGCTTAGAGGTGAAGATATGTCTTTCCTTGAGAAGGATGCACCT 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GTTACAAAAATTAAACCTCATGTAAATCATGAGGGTAAGACTTTCTTTGTACTACCTAGT GATGACACACTACGTAGTGAAGCTTTCGAGTACTACCATACTCTTGATGAGAGTTTTCTT GGTAGGTACATGTCTGCTTTAAACCACACAAAGAAATGGAAATTTCCTCAAGTTGGTGGT TTAACTTCAATTAAATGGGCTGATAACAATTGTTATTTGTCTAGTGTTTTATTAGCACTT CAACAGCTTGAAGTCAAATTCAATGCACCAGCACTTCAAGAGGCTTATTATAGAGCCCGT GCTGGTGATGCTGCTAACTTTTGTGCACTCATACTCGCTTACAGTAATAAAACTGTTGGC GAGCTTGGTGATGTCAGAGAAACTATGACCCATCTTCTACAGCATGCTAATTTGGAATCT GCAAAGCGAGTTCTTAATGTGGTGTGTAAACATTGTGGTCAGAAAACTACTACCTTAACG GGTGTAGAAGCTGTGATGTATATGGGTACTCTATCTTATGATAATCTTAAGACAGGTGTT TCCATTCCATGTGTGTGTGGTCGTGATGCTACACAATATCTAGTACAACAAGAGTCTTCT TTTGTTATGATGTCTGCACCACCTGCTGAGTATAAATTACAGCAAGGTACATTCTTATGT GCGAATGAGTACACTGGTAACTATCAGTGTGGTCATTACACTCATATAACTGCTAAGGAG ACCCTCTATCGTATTGACGGAGCTCACCTTACAAAGATGTCAGAGTACAAAGGACCAGTG ACTGATGTTTTCTACAAGGAAACATCTTACACTACAACCATCAAGCCTGTGTCGTATAAA CTCGATGGAGTTACTTACACAGAGATTGAACCAAAATTGGATGGGTATTATAAAAAGGAT AATGCTTACTATACAGAGCAGCCTATAGACCTTGTACCAACTCAACCATTACCAAATGCG AGTTTTGATAATTTCAAACTCACATGTTCTAACACAAAATTTGCTGATGATTTAAATCAA ATGACAGGCTTCACAAAGCCAGCTTCACGAGAGCTATCTGTCACATTCTTCCCAGACTTG AATGGCGATGTAGTGGCTATTGACTATAGACACTATTCAGCGAGTTTCAAGAAAGGTGCT AAATTACTGCATAAGCCAATTGTTTGGCACATTAACCAGGCTACAACCAAGACAACGTTC AAACCAAACACTTGGTGTTTACGTTGTCTTTGGAGTACAAAGCCAGTAGATACTTCAAAT TCATTTGAAGTTCTGGCAGTAGAAGACACACAAGGAATGGACAATCTTGCTTGTGAAAGT CAACAACCCACCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGAAGGAAGTCATAGAG TGTGACGTGAAAACTACCGAAGTTGTAGGCAATGTCATACTTAAACCATCAGATGAAGGT GTTAAAGTAACACAAGAGTTAGGTCATGAGGATCTTATGGCTGCTTATGTGGAAAACACA AGCATTACCATTAAGAAACCTAATGAGCTTTCACTAGCCTTAGGTTTAAAAACAATTGCC ACTCATGGTATTGCTGCAATTAATAGTGTTCCTTGGAGTAAAATTTTGGCTTATGTCAAA CCATTCTTAGGACAAGCAGCAATTACAACATCAAATTGCGCTAAGAGATTAGCACAACGT GTGTTTAACAATTATATGCCTTATGTGTTTACATTATTGTTCCAATTGTGTACTTTTACT AAAAGTACCAATTCTAGAATTAGAGCTTCACTACCTACAACTATTGCTAAAAATAGTGTT AAGAGTGTTGCTAAATTATGTTTGGATGCCGGCATTAATTATGTGAAGTCACCCAAATTT TCTAAATTGTTCACAATCGCTATGTGGCTATTGTTGTTAAGTATTTGCTTAGGTTCTCTA ATCTGTGTAACTGCTGCTTTTGGTGTACTCTTATCTAATTTTGGTGCTCCTTCTTATTGT AATGGCGTTAGAGAATTGTATCTTAATTCGTCTAACGTTACTACTATGGATTTCTGTGAA GGTTCTTTTCCTTGCAGCATTTGTTTAAGTGGATTAGACTCCCTTGATTCTTATCCAGCT CTTGAAACCATTCAGGTGACGATTTCATCGTACAAGCTAGACTTGACAATTTTAGGTCTG GCCGCTGAGTGGGTTTTGGCATATATGTTGTTCACAAAATTCTTTTATTTATTAGGTCTT TCAGCTATAATGCAGGTGTTCTTTGGCTATTTTGCTAGTCATTTCATCAGCAATTCTTGG CTCATGTGGTTTATCATTAGTATTGTACAAATGGCACCCGTTTCTGCAATGGTTAGGATG TACATCTTCTTTGCTTCTTTCTACTACATATGGAAGAGCTATGTTCATATCATGGATGGT TGCACCTCTTCGACTTGCATGATGTGCTATAAGCGCAATCGTGCCACACGCGTTGAGTGT ACAACTATTGTTAATGGCATGAAGAGATCTTTCTATGTCTATGCAAATGGAGGCCGTGGC TTCTGCAAGACTCACAATTGGAATTGTCTCAATTGTGACACATTTTGCACTGGTAGTACA TTCATTAGTGATGAAGTTGCTCGTGATTTGTCACTCCAGTTTAAAAGACCAATCAACCCT ACTGACCAGTCATCGTATATTGTTGATAGTGTTGCTGTGAAAAATGGCGCGCTTCACCTC TACTTTGACAAGGCTGGTCAAAAGACCTATGAGAGACATCCGCTCTCCCATTTTGTCAAT TTAGACAATTTGAGAGCTAACAACACTAAAGGTTCACTGCCTATTAATGTCATAGTTTTT GATGGCAAGTCCAAATGCGACGAGTCTGCTTCTAAGTCTGCTTCTGTGTACTACAGTCAG 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- Chromosome Location
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- Locus
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- External Identifiers
Resource Link UniProtKB ID A7J8L3 UniProtKB Entry Name A7J8L3_CVHSA GenBank Protein ID 115392314 GenBank Gene ID DQ898174 - General References
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